Folha de Pagamento com vários tomadores

Boa tarde Pessoal,

Vou começar este mês a fazer folha de pagamento para uma empresa que presta serviços para construção civil. Basicamente é o seguinte:
Os funcionários são Laboratoristas e Auxiliar de Laboratorista e são alocados por obra, porém as vezes no mesmo mês eles trabalham em mais de 1 obra.
Minha dúvida é a seguinte, como eu aloco o funcionário em mais de uma obra no mesmo mês? 
Pois nos relatórios da SEFIP precisa sair tudo discriminado corretamente.

Atualmente estou utilizando o sistema Alterdata, caso alguém tenha um passo a passo ou uma breve explicação , ficarei muito agradecida!!