Bom dia!
A exclusão do registro só é "permitida" quando o empregado desiste da vaga e não vai efetivamente trabalhar, depois que já foi feita a admissão.
Nesse caso, você precisa orientar para seu cliente que tomar essa atitude é um risco muito grande para a empresa, além de está indo contra as próprias normas trabalhistas. O funcionário já foi trabalhar, teve o vínculo com a empresa. Como a empresa pretende se resguardar futuramente, caso esse funcionário recorra na justiça? Ele vai poder provar o vínculo com a empresa e exigir o reconhecimento.
E a empresa? Como vai provar que fez a admissão e estava em conformidade também, se excluiu o registro no e-social? Isso é muito grave, eu orientaria meu cliente a esperar o funcionário pedir a demissão formalmente para a empresa, gerar a rescisão e todos os documentos normalmente, que a meu ver seria o certo, porque a empresa não tem obrigação de mandá-lo embora também.