Estouro mês anterior/atestado

Olá, 
Gostaria de um esclarecimento por favor. 
Estive afastada pelo INSS e ao receber alta, pedi demissão. Trabalhei do período 10/04/2023 até 27/03/2024.
Fiquei afastada por 4 meses, e na minha rescisão a empresa não abonou valor de 13° proporcional, não pagou FGTS do mês de março e nos descontos consta Estouro do mês anterior + desconto dias afastados.
Recebi alta do inss porém ainda estava de atestado, sendo assim não fui atendida pelo médico do trabalho até o final do período de atestado.
 Empresa realizou os descontos corretamente? Visto que estava em casa por conta de atestado médico? Os valores do desconto foram maiores dos que o valor que seria recebido das minhas férias.
Obrigada