Marcos Antonio da Silva, boa tarde.
Tendo em vista que tal tempo de intervalo é permitido pela CLT, você poderia sim alterar. Contudo, conforme Art. 468, você teria que ter a concordância do(s) colaborador(es) para efetivar tal alteração e após isso, realizar um aditivo contratual mencionado a mudança e a nova jornada de trabalho.
Agora, uma outra ideia, que não depende de concordância do(s) colaborador(es) é a alteração de horário de atendimento. Você disse que eles estão trabalhando 44h, mas que está tendo 1h extra. Corta esse 1h "na raiz". Manda a galera pra casa 1h antes. Exemplo: se fechava as 18h, agora fecha as 17h, pronto, você não mexe no contrato de ninguém, não precisa de concordância de ninguém, e acabou a 1h extra todo dia.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."