Férias em dobro não foi lançada no recibo de férias

Boa tarde! 
Um funcionário da empresa tirou férias em junho fora do período concessivo, porém no recibo de férias não veio a dobra. Conversei com o rapaz da contabilidade e ele deu a possibilidade de fazer um recibo "por fora" e fazer o pagamento, porém sem fazer a reabertura de folha no e-Social, e pelo valor teria a retenção de IR mesmo que baixo.
Caso fizermos o pagamento do recibo feito "por fora" a empresa corre risco trabalhista? Pois não irá constar no e-Social e não terá o pagamento do IR.
E caso tenha que reabrir a folha para fazer o lançamento, a empresa paga multa pela retificação da folha no e-Social e atraso no pagamento? Qual a média caso tenha?

Se puderem me ajudar por favor.