AFASTAMENTO POR PERÍODO INDETERMINADO POR DOENÇA, DEVE SER INTERROMPIDO O CONTRATO DE TRABALHO?

Boa tarde!
Como funciona o afastamento por período indeterminado?
O funcionário está fazendo tratamento severo e não pode trabalhar, o médico deu um atestado por período indeterminado, com isso, ele se afastará pelo INSS por um período, até findar o tratamento.
Como deve ser lançado o atestado? Lanço de acordo com a perícia do INSS, de 60 em 60 dias, continuando contando os avos de férias e 13° dele, ou lanço como uma suspensão do contrato de trabalho, dando direito apenas dos avos de férias e 13° proporcional a data do afastamento do funcionário? 

Gabriel

Lance os 15° primeiros dias como atestado médico, e a partir do 16° dia ficará como auxílio doença, e sempre que o colaborador trazer a resposta da solicitação de prorrogação, atualize a data prevista para cessação no sistema.

Vejo como indiferente, desde que a empresa assuma o pagamento dos 15 primeiros dias. 
Se é a empresa que está encaminhado o auxílio, recomendo solicitar perícia médica presencial, pois já deu dor de cabeça aqui no escritório por conta do INSS não aceitar atestados indeterminado e o colaborador pensar que a empresa fez algo errado, eu sempre peço para que os funcionários consigam atestados com data fim ou caso contrário envio direto para perícia presencial através do 135.