Bruna Santos Silva, bom dia!
Ficou confuso sua duvida.
A Licença maternidade não tem como a empresa descontar, é seu salario que a empresa está pagando, enquanto você estiver de licença maternidade a empresa recebe "desconto" na guia geral do mês referente ao INSS. A empresa paga seu salario como "salario maternidade", quanto você estiver de licença a maternidade, esse é o nome enquanto você estiver afastada.
O Auxilio Creche, depende do que a convenção coletiva da categoria fala, se menciona os afastamentos.
O Convenio médico deve ser algo acordado entre ambas as partes, e muitas empresas não obrigam a aderir, Na entrevista, na assinatura do contrato ela deve ter informado sobre o valor e os reajuste quando tiver.
Sobre o empréstimo foi sua responsabilidade solicitar e acordado entre as partes
Ao todo os descontos não podem ultrapassar 70% do valor do salário do trabalhador. Ou seja, ele tem o direito de receber ao menos 30% da remuneração, independentemente do número de descontos que recaiam.