Bom dia Adrielen,
Vale Transporte: é um benefício entregue por força de lei, do valor entregue ao empregado, o empregador pode descontar no máximo 6% do salário base, isso se o valor entregue for maior, caso contrário, descontar o valor entregue.
O pagamento do vale transporte constará na Folha de Pagamento como um desconto.
Dia do pagamento: os salários devem ser pagos em períodos máximos de um mês, excetuando-se as comissões, percentagens e gratificações (459 - CLT) . A data limite para pagamento do salário é o 5o dia útil subseqüente ao do vencimento. CLT - Consolidação das Leis do Trabalho (Art. 459, § único da CLT)
Segue o link da lei No 7.418, de 16 de dezembro de 1985 .
http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/Leis/L7418.htm
Ao meu ver o empregador pagará ao funcionário os vales transporte apenas dos dias trabalhados. Se o funcionário faltar deverá ser descontado o valor do mesmo na próximo pagamento.