Qd vc faz a gfip no código 150, ela automaticamente deduz de TODAS AS OBRAS... se sobrar, use como compensação no mês seguinte...
Se for na GFIP 155 (empreitada total), aí devemos recorrer à IN RFB 900/08:
art.44 - parágrafo 2:
§ 2º O crédito decorrente de pagamento ou de recolhimento indevido poderá ser utilizado entre os estabelecimentos da empresa, exceto obras de construção civil, para compensação com contribuições previdenciárias devidas.
Art. 48 - parágrafo 4:
§ 4º Se após a compensação efetuada pelo estabelecimento que sofreu a retenção restar saldo, este valor poderá ser compensado por qualquer
outro estabelecimento da empresa cedente da mão de obra, inclusive nos casos de obra de construção civil mediante empreitada total, na mesma competência ou em competências subseqüentes.
(Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 973, de 27 de novembro de 2009)
Traduzindo, nos casos de empreitada total, vc pode até compensar com os valores devidos pela empresa ou filiais até na mesma competência, mas não em outras obras.
Dê uma lida nessa IN RFB 900/08 e se houver mais dúvidas, volte a postar!