Anotações auxilio doença e acidente

Preciso fazer alguma anotação em livro registro e em ctps de funcionarios afastados?

No livro de registro, pode.
Mas, na ctps do funcionário, nunca !

porque na ctps nunca pode fazer essas anotações?

A nossa CLT, no seu artigo 29, parágrafos 4º e 5º, proíbe o empregador de fazer constar anotações desabonadoras na Carteira de Trabalho e Previdência Social.

§ 4º - É vedado ao empregador efetuar anotações desabonadoras à conduta do empregado em sua Carteira de Trabalho e Previdência Social.

§ 5º - O descumprimento do disposto no § 4º deste artigo submeterá o empregador ao pagamento de multa prevista no art. 52 deste Capítulo.

ANOTAÇÕES DA CTPS. O empregador deve fazer as anotações correspondentes à celebração e ao desenvolvimento do contrato individual do trabalho (art. 29 §§), proibidas as referências desabonatórias do empregado.Recurso provido. (TRT 19ªR - Tribunal Pleno; RO 062.19.00-0/2000; Juiz Relator João Sampaio; Juiz Revisor João Batista)

O empregador ao realizar anotações na Carteira de Trabalho e Previdência Social - CTPS deve restringir-se apenas ao estritamente necessário, sem maiores comentários que possam ser mal interpretados, prejudicando o empregado.

Alguns exemplos:

Quando o empregado dentro do período aquisitivo falta mais de 32 (trinta e duas) vezes injustificadamente, o empregador não deverá fazer nenhuma anotação referente a esse período aquisitivo, inclusive até mesmo quando suas férias forem proporcionais devido ao número de faltas, anotar apenas o período do gozo e o período aquisitivo, sem qualquer comentário a respeito.

Quando o empregado postulou na Justiça do Trabalho algum direito, que seja merecedor de anotação na CTPS, não se deve fazer qualquer menção ao processo judicial.

Outras anotações que não devem constar na CTPS:

a) referente a atestados médicos;

b) advertências e suspensões;

c) dispensa por justa causa; e

d) qualquer outra que possa prejudicar direta ou indiretamente o empregado.

Fundamentos Legais: Lei nº 10.270/2001 e o mencionado no texto.