Oi, Cinara.
Com base no art 462 da CLT: "Ao empregador é vedado efetuar qualquer desconto nos salários do empregado, salvo quando este resultar de adiantamentos, de dispositivos de lei ou de contrato coletivo."
Pode ser entendido o pagamento à maior como uma forma de adiantamento, e a Lei 10.820/2003 limitou os descontos em até 30% do valor liquido do salário.
Há alguns julgados onde a justiça concorda no estorno do pagamento à maior, desde que o empregado assine uma declaração concordando com estorno.
Sendo assim, tanto vc pode chamar o trabalhador e expôr a ele o fato ocorrido, e conforme a reação deste, lembrá-lo que reter esse valor importaria em locupletar-se ilicitamente de algo que não lhe pertence, pegando muito mal perante os empregadores e, com isso, pondo em risco a manutenção de seu emprego. Ou simplesmente realizar os descontos dentro do limite legal. Poderá parcelar em nº de vezes necessárias mas sempre deixando claro quantas parcelas são.
Espero ter ajudado.