Juliana, estando expresso em convenção coletiva de trabalho não há como vc se eximir desta imposição pois, uma vez homologada na justiça a CCT tem força de Lei e não cumpri-la expõe a empresa a vários riscos.
Utilizar equipamento não retira a condição insalubre, apenas procura minimizá-la. Inclusive esses equipamentos são obrigatórios de uso pelo funcionário, sendo a empresa a única responsável por eles usarem ou se usarem errado (se eles se acidentam por não se utilizarem do equipamento a empresa será única responsabilizada no âmbito trabalhista e civil). Portanto, cabe exclusivamente a empresa fornecer os EPIs sem custo para o empregado e deverá sempre fiscalizar sua correta e permanente utilização.
Conclusão: por força da CCT terá de pagar os 20% sobre a base determinada na mencionada Convenção.
Creio que provalvelmente sua empresa ainda não fez o LTCAT nem o PCMSO, ou PPRA. Sugiro contratar os serviços do profissional de medicina e segurança do trabalho, ele fará um estudo e emitirá o laudo, com base nesse laudo vc confirma o indice de insalubridade (varia de 10%, 20% ou 40%) além de outras informações fundamentais que podem evitar riscos ao trabalhador e grandes danos a sua empresa, inclusive numa fiscalização ou ação trabalhista.
Boa sorte!!