Marcelo, bem vindo ao Forum Contabeis! Espero que este espaço possa auxliá-lo a elucidar todas suas dúvidas.
Caso esse sistema de folgas siga orientação do Sindicato de sua categoria, estaria tudo bem, entretanto, caso o Sindicato em sua Convenção Coletiva seja omisso quanto a isto tal escala fere a legislação, pois as folgas devem ocorrer a cada 6 dias trabalhados no máximo.
Assim, se sua folga foi dia 10/Set por ser um sábado, a próxima não poderia ser dia 17/Set um domingo, teria de estar escalada para a 6ª feira, e assim sucessivamente.
Obviamente que seu supervisor se equivocou pois os atestados - se regularmente emitidos - abonam suas faltas e estes dias são tidos como se trabalhados, devendo-se seguir a escala normal de trabalho ao invés de tentar compensar, como ele fez.
Não existe isso de somente folgar em virtude dos dias efetivamente trabalhados, os dias em que vc compareceu ao trabalho. Por isso os atestados cobrem suas faltas.
O que ele poderia ter feito é reajustar a escala devido a possível necessidade de cobrir sua ausência, mas vc tem o direito a 4 folgas no mês e ainda os 3 dias justificados e abonados pelos atestados.
Um conselho: sempre que tiver de entregar um atestado ao empregador tire uma cópia, entregue na empresa o original mas sempre tenha consigo uma cópia.
Boa sorte!!!