Marina, o que é deixar de deduzir o adiantamento? Você pode exemplificar?
Não sei se esta é a sua dúvida, mas quem sabe ajude.
Se o salário é pago dia 1º e o adiantamento dia 20, calcula-se o IR no pagamento (pelo valor do salário menos o adiantamento do mês anterior) e no dia 20, calcula-se novamente o IR, somando os dois valores (o salário menos o adiantamento do mês anterior mais o adiantamento do mês atual).
Se o adiantamento é pago dia 20 e salário é pago dia 30, se calcula o IR sobre o total do salário, sem diminuir o adiantamento.
A regra é que se o adiantamento for quitado dentro do mês, não incide IR sobre ele, somente sobre o pagamento total. Se o adiantamento for quitado somente no mês seguinte, deve-se apurar IR sobre ele.
Verifique no Mafon, disponível no site da Receita.