Valdirene, ao meu ver a indenização pela supressão das horas-extras é uma coisa, a média da remuneração para efeitos de indenização como Férias, 13º e Aviso Prévio Indenizado é outra coisa.
A primeira ( indenização pela supressão das HEs) busca indenizar o empregado por ele não mais ter a expectativa de remuneração no nível que vinha produzindo com as horas-extras integradas ao seu pagamento mensal.
A segunda (médias das HEs) nada mais é que medir a média salarial em determinado período como o aquisitivo para efeito das Férias, e o correspondente aos meses para efeito do 13º. No aviso indenizado é que se pode questinar se seria devido ou não considerar as horas-extras visto que a mesmas foram suprimidas, para maior clareza deve-se consultar o Sindicato da categoria neste caso.
Espero ter ajudado.
Abraços!!!