A empresa recebeu uma carta dizendo que era obrigada a descontar a pensão na folha de pagamento?
Se não era obrigada, então não há problemas, pois o próprio funcionário efetua o pagamento.
Se for obrigada, acho que o melhor a fazer é enviar uma correspondência ao funcionário, dizendo que por um erro não foi descontada a pensão e para ele procurar o departamento pessoal para regularizar a situação.
Quando ele for (se ele for) ao departamento pessoal, faça um termo dizerndo que ele foi orientado e levou um recibo com o valor a ser depositado, e pegue assinatura do mesmo.
Na minha opnião é isso... vamos esperar os outros colegas.