é vedado ao empregador substituir o vale-transporte por antecipação em dinheiro ou qualquer outra forma de pagamento, salvo se houver falta ou insuficiência de estoque de vale-transporte (dos fornecedores) necessário ao atendimento da demanda e ao funcionamento do sistema, consoante o art. 5º do Decreto 95.247/87.
OU seja, a empresa nao pode descontar 6% do empregado,pois o mesmo nao utiliza o vale transporte. Visto que, o vt nao é de obrigatoriedade da empresa se o funcionario nao utilizar, esse tipo de acordo nao tem nada a ver com vale transporte, seria no caso uma ajuda de custo e a empresa nao podera descontar. na forma da lei a obrigatoriedade do vt ao empregado é somente se ele faz juz ao mesmo, e neste caso ele nao esta utilizando.