É isso mesmo amigo, vc o informa no código 9 (confirmação), informando os valores corretos.
Faz o RDF, pedindo a restituição dos valores pagos a maior, acrescentando as duas RE's + GRF + holerite de pagamento que comprove a remuneração correta/BC FGTS.
Se vc informar no código 1 o SEfip apura FGTS a pagar, que não é o caso, se informar como "declaração ao FGTS/Previdencia" vc estará assumindo um débito que na verdade não existe.
Por isso deve informar no código 09 mesmo
Vc informa TODOS os trabalhadores informados anteriormente, não apenas só o trabalhador a retificar, ok?
Exemplo n° 1: Erro na informação da remuneração
Foi transmitida GFIP/SEFIP para o estabelecimento 0001, a competência 01/2006, o código de recolhimento 115 e o FPAS 515, contendo 10 trabalhadores (campo Modalidade branco ou 1). Houve erro na informação da remuneração sem 13º para um trabalhador. A remuneração foi informada a maior. Foi informado R$ 1.000,00 quando o correto era R$ 800,00. Para correção, deve ser transmitida uma nova GFIP/SEFIP para a mesma chave da GFIP/SEFIP incorreta e contendo a informação devida; ou seja, para o estabelecimento 0001, a competência 01/2006, o código de recolhimento 115 e o FPAS 515, contendo a remuneração correta para o trabalhador a retificar ou a confirmar na Modalidade 9.
Caso tenha sido recolhido o FGTS sobre os R$ 1.000,00, haverá direito à devolução do FGTS recolhido a maior.
Fonte: Manual do SEFIP
Abraços e sorte