Erika, o empregador que deseja aplicar sobre seu empregado o entendimento que a Lei permite ao empregador, este empregador tmb deveria corresponder às mesmas exigências, acatando o que manda a Lei que é registrar este empregado.
Não é dado ao empregador a possibilidade de escolher registrar ou não. Ele é OBRIGADO a fazê-lo, quando não o faz ele fere a Lei e com isso se submete a seus rigores, inclusive pagar multa administrativa que não o exime de todas as verbas trabalhistas devida a seu empregado.
Se a empresa quer fazer a rescisão dentro do que manda a Lei, para poder descontar o AP a que o empregado está obrigado por LEI a cumprir, então, ela deverá creditar ao empregado o que lhe deve, que é o recolhimento previdenciário e o FGTS.
Caso a empresa não pretenda fazer a contratação retroatriva por ter agido FORA DA LEI, não convém que exiga do empregado aquilo que ela própria não foi capaz de cumprir.
Assim, deveriam liberar o empregado de cumprir o aviso e não descontá-lo. Afinal, este empregado facilmente conseguiria uma rescisão indireta pelo fato do empregador não tê-lo registrado, e nesta modalidade o empregado sairia com a indenização normal de uma dispensa sem justa causa, e com o tempo de serviço computado para efeitos previdenciários, direito este que lhe está sendo roubado.