Abona-se apenas as 3 horas pois o atestado confirma que o mesmo estava na unidade de saúde, assim justificando sua ausência neste período.
Como o atestado é omisso quanto a necessidade de repouso do trabalhador (se a enfermidade recomendasse, o médico teria emitido o atestado correspondente) a empresa não está obrigada a abonar as horas restantes do dia de trabalho.
Como este empregado ausentou-se do restante do dia de trabalho ele poderá, sim, ter descontado além de 1 dia de trabalho (1 salário-dia), 1 dia de salário pelo DSR (1 salário-dia) por não ter completado a jornada semanal contratada. Esta é a regra para os mensalistas.
Espero ter ajudado.