Cara Eliane,
Em razão do exposto acima o Pró-Labore pode sim ser calculado proporcionalmente, no entanto oriento a você que faça um documento intitulado de "Deliberação Administrativa", (Segue abaixo modelo):
DELIBERAÇÃO DA REUNIÃO DOS SÓCIOS ou DELIBERAÇÃO ADMINISTRATIVA
Tendo em vista o contido nos artigos 1.071 e 1.072 (parágrafo 3º) do Novo Código Civil, fica deliberado nesta data o seguinte.
A Sócia ___________________, CPF nº. ______________, e a Sócia ___________________, CPF nº. ______________, conforme Contrato Social da sociedade empresária ____________________ – CNPJ _________________, DECIDEM, que a partir de ___ de ____________ de 2011, a RETIRADA DE PRÓ-LABORE da Sócia ___________________ será de R$ ________ (por extenso) em virtude de _____________________, enquanto a sócia __________________________ irá retirar o Pró-Labore de R$ _________________ (por extenso) dentro do mês ______________.
A partir do próximo mês a sócia ___________________ irá retirar o Pró-Labore integral no valor de R$______________ (por extenso).
E os demais sócios permanecem com o Pró-Labore inalterado.
Por ser essa a expressão da verdade e para que produzam os devidos efeitos, datamos e assinamos o presente.
__________________, ___ de _________ de 2011.
______________________ ________________________
Assinatura da Ex-Sócia Assinatura da sócia 01
______________________ ________________________
Assinatura do sócio 02 Assinatura da sócia 03...
(Poderá constar no RODAPÉ)
Documento EMITIDO em 03 vias:
 01 Via para o arquivo na Empresa;
 01 Via para o arquivo da Contabilidade; e
 01 Via para o arquivo no Departamento Pessoal.
Aí é só você adapta-lo conforme a sua realidade.