Milena, tendo estado afastado por motivo de doença o empregado não pode ser dispensado sem que o empregador tenha tentado contatos para verificar da real situação de seu empregado.
Ele deverá ser encaminhado a novo exame médico para atestar a situação de saúde e assim definir se seria caso de reencaminhar ao INSS, como bem pode este empregado estar recorrendo ao órgão administrativamente, e portanto, incapacitado ao retorno ao serviço.
Se o empregador não tiver como provar que buscou contato com o empregado e de que este tomou conhecimento da dispensa, essa rescisão poderá ser cancelada e mantido a validade do contrato, ficando obrigado o empregador a pagar ao empregado indevidamente dispensado por todo o período até propositura da ação trabalhista.
No mais, respondendo sua pergunta, se por acaso o empregado toma conhecimento de que está em aviso prévio e não comparece ao mesmo, esses dias serão tidos como de ausência ao serviço.