Boa noite..
Primeiramente vc deve entrar no site da cixa na parte de download, http://www1.caixa.gov.br/download/asp/download.asp e baixar o indice do fgts que estiver atualizado para a data em que pretende fazer o pagamento da guia vencida, vc ira baixa uma arquivo .exe, devera executa-lo e salvar em um lugar de facil localização no pc, sugiro area de trabalho(desktop), apos entrar no sefip e ir em ferramentas --> carga manual de tabela --> indide - fgts 0--> selecione o arquivo que acabou de baixar e executar, esperar a mensagem de carga atualizada com exito e abrir novo movimento, colocando na opção FGTS em atrazo e colocando a data de pagamento, apos isso transmitir o arquivo nomralmente como faz para transmissao normal.ok.
Espero ter ajudaro, qualquer coisa so falar.
Forte abraço.