Ana Cristina,
Se a empresa possui sistema de ponto que comprove os atrasos eles podem ser descontados.
Quanto aos 10 minutos previstos na CLT que voce cita, na verdade são 5 minutos. 10 minutos sera a soma diária:
CLT - artigo 58
§ 1º – Não serão descontadas nem computadas como jornada extraordinária as variações de horário no registro de ponto não excedentes de cinco minutos, observado o limite máximo de dez minutos diários.
Ou seja, se na entrada o funcionário atrasar 6 minutos, entendo que pode ser descontado. Se na entrada da tarde ele atrasar mais 6 minutos, também pode ser descontado.
Atenciosamente,