Bruno, se me permite responder suas questões, tentarei ajudá-lo.
A contratação por vc mencionada é típica de vendedor comissionista puro onde o Sinicato dos Comerciários fixa um salário garantia que pode ficar um pouco acima do salário mínimo nacional (aqui no RJ pelo menos é assim deteminado), que será pago caso o vendedor não alcance ao menos esse valor com base em suas comissões, uma vez ultrapassado o salário rantia paga-se as comissões apuradas.
Como em seu caso os 5% de comissão somente seriam deidos caso o empregado alcance uma dterminada meta, convêm estabelecer isso em contrato formal, estipulando tal condição em clásula própria, devendo tmb observar este critério em anotação no campo "Observações" ou "Anotações Gerias" na CTPS do empregado. Se anotar na página do contrato "salário R$x,xx + comissão de 5%" poder inferir que os 5% incide sobre todas as vendas por ele realizada, sem a meta estipulada.
O salário contribuição que faz a base para o desconto do INSS e para o recolhimento do FGTS considerará todas as verbas remuneratórias, seja somente salário fixo, seja somente comissão, ou ambos (salário+ comissão).
Aproveito para lembrar que toda verba remuneratoria variável (comissão, hora-extra, ..) requerem o reajuste do DSR, portanto, será devido DSR em reflexo das comissões aferidas deste empregado.
As verbas variáveis habituais compõe a base de cálculo para férias e 13º, o cálculo será aquele determinado pelo Sindicato da categoria profissional ou do segmento do empregador, normalmente usa-se a média aritmética para alcancar o valor médio devido e considera-se os nºs de meses devidos de férias e de 13º.
Os percentuais utilizados para o desconto previdenciário e para o FGTS vc encontra no site da RFB ou da Previdência, no site da MPAS ou até da CAIXA.
A alícota do FGTS é apenas 1, de 8%, não importando o valor da remneração.
Do INSS pode ser 8%, 9% ou 11%, e tem um teto máximo independete do valor total da remuneração caso o teto seja utrapassado. Obviamente que as 3 alícotas se referem a 3 faixas salariais, é preciso verificar em qual delas a remuneração se enquadra para saber o percentual a utilizar.
Espero ter ajudado.
Abraços!