Rogério,
Qual é a vontade dos sócios? Eles querem ou não retirar importâncias a título de pró-labore? Se sim, você deve fazer uma alteração do Contrato Social, pois há essa cláusula impeditiva, como você citou.
Se o Contrato Social prevê que os sócios administradores não retirarão importâncias a título de pró-labore, há que se cumprir.
Para exemplificar, geralmente o Contrato Social das empresas possuem uma cláusula como essa: "Os sócios poderão, de comum acordo, fixar uma retirada mensal, a título de “pro labore”, observadas as disposições regulamentares pertinentes.".
A respeito da segunda pergunta, você poderia especificar o que encontrou no Código Civil a respeito de retirada de pró-labore ser obrigatória?
Como citado anteriormente, para efeitos previdenciários a retirada de pró-labore não é obrigatória, ou seja, dependerá apenas de previsão no contrato social.