bom dia
dentro do sefip voce faz a alteração da seguinte forma, como é apenas correção de dados, todos que estiverem com as informações corretas devem permanecer na modalidade 9 porem na aba cadastro>empresa (onde fica o desenho de um predio amarelo> seleciona o funcionário, verifique se o pis esta vindo da importação correto, caso não esteja voce deve mudar no cadastro do funcionário dentro do seu sistema da folha, mas isso pode ser feito sem precisar exportar novamente, infelizmente voce terá que excluir ele e cadastrar manualmente, após o cadastro lá na aba movimento ele estrá na modalidade vermelha, pois estará apenas os dados sem valor, voce deverá colocá-lo na modalidade 9 para que seja possível fazer o cadastro do salario e envia, será sobreposto apenas o numero do PIS, já que o salario será o mesmo.
espero ter ajudado