Oi, Maíra.
O mês de setembro, por ela não ter retornado ao trabalho, ela perde 1/12 para o 13º pago pela empresa. Se ela estava em licença médica desde pelo menos 17/jan/12, será o INSS quem pagará 8/12 ávos (pois setembro tmb não entra por terem sido menos de 15 dias).
Se a nova licença médica que ela tirou em Outubro não guarda nexo com a licença previdenciária que ela usufruiu até 14/Set, então o empregador fica responsável por esses 15 dias, caso contrário seria considerado continuidade da licença e ela deveria ter sido encaminhada a nova perícia onde o INSS ficaria responsável tanto em pagar por esses 15 dias como tmb em pagar mais 1/12 ávos de 13º.
Não entendo como ela foi posta em férias se estava em licença médica, imagino que ela foi formalmente comunicada que estaria em férias com 30 dias de antecedência ao início das férias.
Se a nova licença médica não resultou em continuidade a licença anterior, então, o empregador assume apenas 3/12 ávos do 13º, ressalto que a 1ª parcela já devia ter sido paga a empregada até 30/Novembro, mesmo que ela estivesse em férias ou mesmo em licença médica.
Relembro que em casos de licença médeica prolongada se faz necessário que o empregador encaminhe o empregado a exame médico de retorno da licença, somente sendo ele liberado para retomar suas funções se considerado ápto.
Espero ter ajudado.