Patricia Helena Bom Dia;
Se a funcionária deveria retornar ao trabalho apos o seu periodo de beneficio, e a mesma não o fez, não vejo o por que efetuar o pagamento do FGTS.
Se a funcionária não trabalhou, não existe remuneração, logo, não há pagamento de FGTS e nem desconto da contribuição a previdencia. (INSS) ;
Neste caso, a empresa deve comunicar a funcionária que a mesma já deveria ter retornardo a empresa, enviando uma correspondencia com AR em mãos para a mesma, solicitando que ela compareça a empresa em determinado prazo afim de justificar o seu não retorno ao trabalho.
Abraços
Att