Cristiane, deve informar com a ocorrência 05-Mais de um vínculo e a outra empresa tbm deveria informar. Dessa forma o SEFIP não calcula o INSS que deve ser informado manualmente (no seu caso fica zerado mesmo pois já pagou o teto na outra empresa).
Caso na outra empresa ainda não atingisse o teto e tivesse saldo de INSS deveria ser informado manualmente em Valor Descontado do Segurado.
Se na empresa ele tivesse um salário menor e alíquota fosse de 8 %, por exemplo, deveria ser somado o salário ou pró-labore da empresa B para fins da alíquota.
Exemplo o empregado trabalha em 2 empresas com salário de 800,00 em cada.
Deveria prestar as informações acima e pagar o INSS (informado manualmente no campo citado) com alíquota de 9%