Olá Iriani,
caso o funcionário esteja saindo por motivo de demissão iniciativa do empregador, além dos itens citados por você, o mesmo terá direito ao aviso trabalhado ou indenizado ( a CTPS sem registro é culpa exclusivamente da empregadora).
Caso seja demissão por iniciativa do funcionário, não pagará dos itens relacionados, por você, a multa fundiária, mas deverá exigir do mesmo o cumprimento do aviso, se não cumprido poderá haver o desconto.
Nota: Mesmo se tratando de um acerto sem registro é bom precaver contratempos, caso o funcinário não queira cumprir o aviso a empregadora poderá propor um "acordo" com o mesmo, não descontado o aviso, pagando-lhe os demais direitos, pois será mais fácil ele procurar a justiça quando é demitido e não quando pede demissão.
Não exigir que o funcionário assine qualquer espécie de declaração, apenas recibo após pagamento dos direitos.
abç!
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