Bom dia Lucia.
Os valores que voce não conseguiu compensar nas GPS da compeencia, devera fazê-lo pelo sistema da Receita Federal (da pagina da Receita Federal):
"O reembolso será requerido por meio do programa PER/DCOMP ou, na impossibilidade de sua utilização, o pedido deverá ser formalizado na unidade da RFB que jurisdiciona o domicílio tributário do sujeito passivo, mediante a apresentação do formulário "Pedido de Reembolso de Quotas de Salário-Família e Salário-Maternidade", conforme modelo constante do Anexo VI, ao qual deverão ser anexados documentos comprobatórios do direito creditório.
Documentação Necessária à Instrução do Processo
I - Pedido de Reembolso de Quotas de Salário-Família e Salário-Maternidade, conforme modelo constante no Anexo VI da IN RFB nº 900, de 30/12/2008, em duas vias, disponível na Internet no endereço www.receita.fazenda.gov.br, assinadas pelo requerente ou pelo representante legal da empresa;
II - original e cópia simples ou cópia autenticada do contrato social e última alteração contratual que identifique os responsáveis pela administração ou pela gerência da sociedade, ou estatuto social e ata em que conste a atual diretoria da sociedade ou associação, ou o registro de firma individual ou de empresário individual, assim considerado pelo art. 931 da Lei nº 10.406, de 2002 (Código Civil), conforme o caso;
III - procuração por instrumento particular, com firma reconhecida em cartório, ou por instrumento público, com poderes específicos para representar o requerente, se for o caso;
...
Os documentos específicos para instrução de processo relativo ao reembolso de valor correspondente a salário-maternidade, são:
I - o original e cópia simples ou cópia autenticada da folha de pagamento que comprove o pagamento do salário-maternidade;
II - o original e cópia simples ou cópia autenticada de atestado médico; ou
III - o original e cópia simples ou cópia autenticada da certidão de nascimento.
IV - outros documentos que possam substituir os documentos anteriores como comprovantes."
Segue link para maiores esclarecimentos:
Reembolso
Atenciosamente,
Carlos Muller
MULLER - Assessoria Contabil e Sistemas
Rua Clara Camarão, 549 - Jd Amazonas
13044-390 - Campinas - SP
Fone:(19)2121-2593 - Cel:(19)8142-8004