Héverton,
foi somente a GPS que ficou a menor??? nao teria tambem o FGTS ficado a menor tambem? se for esse o caso informe na sefip na modalidade 9 todos os funcionarios que nao tiveram alteracao, mas por exemplo: voce identificou que 1 ou 2 funcionarios na hora da informaçao a remuneracao era a menor por esse motivo gerou a gps a menor, entao nesses funcionarios voce tera que colocar a modalidade branco ( caso tenha que pagar diferença tambem no FGTS) ou modalidade 1 ( somente declaracao ao FGTS e INSS) coloque a remuneracao certa para que na hora do calculo do INSS dê certinho, feito isso voce resolveu as informaçoes junto ao inss atraves da sefip, agora voce precisa fazer uma guia a parte ( https://www.mpas.gov.br ) da diferença, espero ter ajudado.