Bom dia Aparecido,
Os recolhimentos obrigatórios para um funcionário são INSS e FGTS, o CAGED é uma declaração mensal feita para comunicar as movimentações de sua empresa, ou seja, os funcionários demitidos e admitidos dentro do mês o CBO é a Classificação Brasileira de Ocupações nela consta as especificações do cargo que o funcionário irá exercer dentro de sua função.Por exemplo: um servente de obras pode auxiliar um pedreiro,nas obras pode ser auxiliar de saneamento entre outros.
Quanto aos códigos de matricula esses são gerados no momento da admissão e devem seguir a sequencia para evitar dois ou mais registros com o mesmo numero, o ideal seria contratar um contador ou um serviço especializado para confecção de folha de pagamento, e das demais obrigações como fichas, contratos, rescisão, INSS, FGTS e gerar CAGED, pois, para isso você vai precisar de programas e sistemas específicos para cada tipo situação.