Olá Carlúcia,
Boa tarde!
de antemão acho muito válido as empresas adotarem o método de banco de horas para controlar as jornadas de trabalho dos funcionários, pois reduz custos para a empresa e de certa forma torna mais flexível também para o funcionário (caso ocorra algum atraso não será descontado se compensar as horas). Respondendo a sua pergunta: O desconto pode ser feito, pois o funcionário não cumpriu adequadamente com a jornada de trabalho prevista. Porém para evitar desconfortos com o funcionário, uma opção é você fixar um período para fechamento do banco de horas (1 mês, 2 meses, 3 meses, 4 meses, etc...) e só após o fechamento do banco de horas será levantado se o funcionário ficou devendo horas ou se fez horas extras. Por exemplo: Se você optar pelo período de fechamento após 4 meses, o funcionário ou o gestor responsável poderá administrar durante todo o período para que na data do fechamento o banco de horas não tenha atrasos nem horas extras. Se o funcionário por ventura chegar atrasado ele poderá compensar as horas em outro dia dentro do período, se o funcionário tiver horas extras, ele vai ganhar uma(s) folga(s) durante o período. Essa metodologia evita descontos no salário do funcionário e evita pagamento de horas extras por parte da empresa.
Fica a dica, espero ter ajudado.
Abraço.