Alessandra, o empregador é o responsável em montar as escalas de trabalho e com isso estabelecer as horas de trabalho dos empregados. Por isso mesmo ele não pode descontar do salário as horas que por ventura (e (in)competência do empregador) o empregado deixou de trabalhar, reduzindo, assim, a jornada firmada no contrato.
Deve, o empregador, ao verificar que seu funcionário está laborando horas a menos que o previsto em contrato, reajustar o horário deste funcionário de modo que ele produza dentro do previsto. Não pode o empregador reduzir o salário em função da redução da jornada implantada pelo próprio empregador.
A menção por vc do que diz a CCT é firmar o adicional de sobrejornada como o mínimo previsto em Lei, que é de 50% para horas normais e de 100% para as realizadas em dia de folga.