Bom dia
Sem querer esgotar o assunto, veja o que diz a CLT:
“Art. 581. (...)
§ 1º Quando a empresa realizar diversas atividades econômicas, sem que nenhuma delas seja preponderante, cada uma dessas atividades será incorporada à respectiva categoria econômica, sendo a contribuição sindical devida à entidade sindical representativa da mesma categoria, procedendo-se, em relação às correspondentes sucursais, agências ou filiais, na forma do presente artigo.
§ 2º Entende-se por atividade preponderante a que caracterizar a unidade de produto, operação ou objetivo final, para cuja obtenção todas as demais atividades convirjam, exclusivamente em regime de conexão funcional.”
Se no CNPJ (Contrato Social) a atividade preponderante é panificação, é este sindicato que deve seguir pela Lei.
Mas se seguir as duas convenções também não haverá problema, pois já há decisão neste sentido:
LEGITIMIDADE ATIVA DO SINDICATO. ENQUADRAMENTO SINDICAL - EMPRESA QUE DESEMPENHA DIVERSAS ATIVIDADES.Em se tratando de empresa que explora diversas atividades econômicas, o enquadramento sindical deve observar essas diferenças, em obediência ao artigo 581, õ 1º, da CLT, de forma que é inegável a legitimidade ativa do sindicato reclamante (SINDUR) para representar os trabalhadores da SINGEL que prestam serviços à CERON, exercendo atividades típicas desta.(TRT14 RO 0000565, Relator: JUIZA FEDERAL DO TRABALHO CONVOCADA ARLENE REGINA DO COUTO RAMOS, Data de Julgamento: 28/10/2011, SEGUNDA TURMA, Data de Publicação: DETRT14 n.203, de 03/11/2011).
Essa é a minha opinião.