Boa Noite Deyse
Segundo o art. 71 da CLT, nas jornadas de trabalho superiores a 6 horas será obrigatória a concessão de um intervalo destinado a repouso e alimentação de no mínimo uma hora, o qual, salvo acordo, convenção ou dissídio coletivo em contrário, não poderá ultrapassar a 2 (duas) horas. Esses intervalos não são computados na jornada de trabalho dos empregados.
Sendo assim, o horário de intervalo deverá ser convencionado entre empregador e empregado de acordo com as necessidades operacionais da empresa.
Portanto, diante da situação que você colocou, não vejo o princípio da irrenunciabilidade em questão.
O empregado não pode descumprir o regulamento da empresa em que trabalha. Caso haja norma interna (geralmente existem) para que os empregados cumpram o devido intervalo para repouso e alimentação,não poderá o empregado escolher a hora ou mesmo o tempo que quiser para gozar o referido intervalo, previsto no art. 71 da CLT.
Porém, como o D Trabalhista permite uma certa flexibilização, poderá a empresa firmar um "acordo coletivo" de trabalho com o sindicato da categoria(profissional), modificando o teor do art. 71 da CLT, inclusive, abolir até mesmo o referido intervalo. Além do AC(acordo coletivo), a própria Convenção Coletiva de Trabalho(CCT) poderá normatizar o assunto, desde que não traga prejuízos para o empregador. Todavia, o referido acordo coletivo irá abranger todos os funcionários da empresa e não um único trabalhador.
Portanto, a resposta de sua pergunta inicial é que o empregado "não" poderá renunciar a tal direito (art. 71 da CLT) sem que exista uma norma coletiva de trabalho que discipline o assunto.
Saudações
Ana