A hipotese do amigo acima é bem valida porem sem um documento fisico é dificil ganhar, mais isso é algo para a justiça decidir pois ficara a palavra de um contra o outro, para entrar na justiça sobre este caso você pode fazer o seguinte, com o celular liga a opção de gravar video, vai no RH da empresa e explica o caso novamente e fale diretamente com a pessoa que você comunicou de inicio sobre este incidente, grave a conversa de vocês (de preferencia com o video), você pode falar assim, "eu falei contigo no dia tal as tal horas que estava sendo creditado este valor e que não era devido porem vocês continuaram a fazer os pagamentos de adicionais, agora vocês querem descontar este valor de mim sendo que a culpa não é minha" espere ele confirmar que você realmente o avisou, alias force ele a confirmar isso, dai você tera uma prova fisica caso queira entrar numa ação contra a empresa.
Caso contrario o que o nosso amigo André falou, esta perfeitamente correto!