Kelly, bom dia!
Em relação a parte previdênciaria é do imposto de renda é igual nacionalmente.
Sobre o ISS, varia de cidade a cidade.
Pode ser tanto NF que algumas prefeituras autorizam a pessoa fisica emitir, quanto RPA quando o municipio não dispõe sobre o assunto.
Podemos reparar que a questão não é uma regra só, então vamos por partes.
Sobre a previdência, independe se o documento é NF ou RPA, você irá reter 11% do prestador de serviço PF, respeitando o teto previdênciário que hoje é de R$ 430,78, mas provavelmente terá alteração em 01/01/2013 e a sua empresa terá que assumir 20% sobre o valor pago ao prestador PF, sem limite de valor. Essa retenção será recolhido até o dia 20 do mês seguinte em GPS no código 2100 e informado na sua GFIP.
Então já solicite o PIS/NIT/PASEP do prestador.
Sobre o IR, aplique a tabela progressiva e para apuração da BC do IR, somente subtraia o INSS retido, depois aplique a alíquota cabível e sua dedução.
Agora é a parte mais complexa, o ISS. Existe municipio que não exige retenção do autonômo, caso ele tenha inscrição municipal, pois ele pode gozar de algum beneficio, outros já exigem retenção. Então existem duas situações:
Situação 1 - Verificar no seu municipio se cabe retenção, se não couber, ótimo para você;
Situação 2 - Se verificado no seu municipio que deverá haver a retenção, então você aplica a retenção que deverá ser de no minímo 2% e no máximo 5%.
Se mesmo assim o prestador não tiver a NF, também poderá ser feito via RPA que não haverá problema, a única coisa é que existe uma possibilidade maior do prestador não ter Inscrição Municipal e a chance muito grande de você reter o ISS dele.
Abs