Tcheler, vc poderá dar justa causa quando as ausências injustificadas se configurarem reiteradas, isto é, demasiada frequentes, mesmo que sejam de 1 dia a cada vez. Se todo mês ele tiver mais de 1 dia de falta e/ou atrasados ou saídas antecipadas, mesmos referentes ao intervalo do almoço, são validas para uma justa causa.
Mas para isso vc precisa comprovar que deu todas as oportunidades para que ele se retratasse. Assim, sempre que um fato deses ocorrer (faltas, atrasos) aplique advertência (sugiro 2 escritas), e a cada novo evento aplique suspensão sem vencimentos (comece com 3 dias, passe pra 5 e depois 10). Sempre deixando por escrito nos comunicados os eventos já ocorridos e as consequências a que ele se sujeita ao manter seu comportamento indisciplinado, que é a aplicação da justa causa.
Então, sim, poderá aplicar a justa causa sem grandes receios.
Boa sorte!!!