CNPJ baixado de filiais com restrição na CEF

Bom dia!
Gostaria de saber como proceder em relação a obtenção do certificado de regularidade do FGTS(CRF), com restrição referente a filiais já canceladas na Receita Federal.
Tenho restrições de diversas filiais dos anos de 2000 a 2007, identificadas como ausência de recolhimento, mas infelizmente o cliente não possui todas as guias de recolhimentos, e a Caixa Econômica Federal, não consegue fazer a regularização devido o CNPJ de filial ter sido cancelada sem fazer a devida regularização anteriormente.
Alguém já passou por essa situação.
Obrigado pela atenção.

É estranho, Ricardo, a Receita ter dado baixa restando ainda débitos. Procure a Ouvidoria da RFB para elucidar essa questão.