Henrique, bom dia..
Nas transformações de ltda para EI, que fiz, não aguardei o prazo, fiz logo em seguida que o primeiro processo de retirada de um dos sócios foi aprovado pela JUCEPAR. Mas para dar entrada na JUCEPAR como EI, vc deve fazer em paralelo a Transformação da sociedade em EI, ou seja, são três processos no total, o primeiro onde vc retira um ou demais sócios para que permaneça somente um e demais alterações que por ventura precisar, o segundo onde vc transforma a sociedade de um único sócio em EI, e o terceiro o requerimento de empresário, sendo que estes dois últimos devem ser feitos em paralelo, cabe o aviso que deve no requerimento de empresário fazer ou não o pedido de ME ou EPP.
Espero ter ajudado..
ATT