Joelma Lauredo, bom dia.
Não entendi sua pergunta, mas quando bens imóveis são utilizados para formação Capital Social, antes o sócio deve transferir o imóvel de sua propriedade para a empresa e para isso, é necessária a escritura pública, somente com ela, é poderá ser utilizada para formalizar a integralização de Capital. A escritura pública de integralização deve ser apresentada para registro e arquivo na Junta Comercial e também deve ser levada a registro no registro de imóveis no qual está matriculado o imóvel.
Então no caso, de você ter discriminado no contrato que as quotas do sócio fulano, são representadas pelo imóvel tal e na época, não fez a transferência da pessoa física para pessoa jurídica e mesmo assim a Junta comercial homologou, apenas criou uma falha jurídica que poderá ser utilizada por terceiros em caso de pendenga judicial. Em todo caso, aconselho a fazer uma alteração contratual, refazendo todo o contrato e dessa vez fazendo o correto e consequentemente, consolidando todas as clausulas.
Abraços.