Laisa,
Com o registro como técnica no CRC você pode prestar serviços contábeis (técnico) como profissional autônomo (lembrando que se você prestar serviço contábil também estará sujeita ao pagamento do sindicato da categoria).
O MEI você pode baixar a qualquer momento, como o amigo Márcio José disse, e acho que também será necessário fazer a DASN-SIMEI.
A vantagem de ser MEI é que você poderá emitir NF de Serviços sem pagar o ISS, enquanto que se você for apenas profissional autônomo terá que emitir a NF Avulsa e terá que pagar a alíquota de 5% (Alíquota do município que moro, consulte o código tributário do seu município pra ter mais certeza).
Abdon,
No site da RFB encontra-se a seguinte informação: "Caso precise comprovar a baixa do seu CNPJ no futuro, acesse a página para Emissão de Comprovante de Inscrição e de Situação Cadastral (será aberta nova janela) no site da Receita Federal e informe o CNPJ."
Então, acho que você deve levar este comprovante de situação cadastral na Junta do seu estado para que possa ser efetuada a baixa.
Att
Lynn Ohana