Erika, boa tarde !
Primeiramente precisamos saber se essa empresa a ser alterada foi registrada na Jucesp ou no Cartório.
Se foi na Jucesp, os passos são esses:
1) Redação e assinatura da alteração do contrato social
2) Juntar cópias autenticadas dos documentos pessoais dos novos sócios (caso haja)
3) Entre no site da Jucesp e cadastre essa alteração: https://www.jucesp.sp.gov.br/vre/ (necessário certificado digital válido)
4) Emita e pague a Dare e Darf
5) Entre no site do Cnpj-> https://www14.receita.fazenda.gov.br/cadsincnac/inicioAction.do e atualize os dados da empresa. A pergunta "O Ato Constitutivo Alterador já foi Registrado ?", responda "Não". A data de cada evento deve ser a data em que você estiver digitando. Confira tudo e envie para a receita federal. Se a empresa tiver certificado digital, faça a opção. Se não tiver certificado digital, o responsável legal deverá assinar e reconhecer firma no DBE, que leva algumas horas para ser disponibilizado (veja o site do item 6)
5) Espere compensar o pagto da Dare e Darf (dia seguinte ao pagto), e entre novamente no site de Jucesp, emita os documentos para assinatura
6) Vá consultando aqui -> http://www.receita.fazenda.gov.br/pessoajuridica/cnpj/fcpj/consulta.asp se o DBE está pronto. Imprima quando estiver disponível
7) Junte toda a documentação e leve na Jucesp, ou em algum posto avançado (que cobra algo a mais para fazer o registro da alteração)
8) Depois de registrada essa alteração na Jucesp, automaticamente é atualizado o CNPJ, então, deve-se atualizar na prefeitura (que acredito ser a de São Paulo)
É difícil explicar por escrito, pois são inúmeros detalhes. Peça ajuda in-loco de alguém daí mesmo, pois essa tarefa não se aprende assim tão facilmente. Mas depois que se aprende, fica muito fácil.
Espero ter ajudado !
Joaquim Arruda