Desenquadramento de ME de empresas registradas em cartório

Boa tarde!

A contabilidade no qual trabalho, pegou uma empresa para fazer sua parte contabil, e nos deparamos com vários erros no seu registro.
Em visita a Receita Federal, um dos analistas pediu para que fosse feito o desenquadramento da mesma como ME.
A minha dúvida é a seguinte:
Tem que fazer um pedido de desenquadramento e protocolar no cartório? Ou apenas o DBE sem esse pedido é válido?

Grato desde já a atenção de todos!

Att.
Eduardo Ribeiro