Bom dia Luis Carlos!
Primeiro, você deve se informar na prefeitura do local para onde a empresa vai ser transferida, se naquele endereço pode se instalar uma empresa com tal atividade (mercearia, posto de combustível, etc). Se o pedido na prefeitura for aprovado, você faz a alteração na Junta Comercial (altera o contrato social ou o requerimento do empresário, faz o cadastro web e encaminha no órgão) e na Receita Federal (alteração do CNPJ) e demais órgãos de necessário, dependendo do CNAE da empresa.
Att,
Gabrielle.