Alison,
Deve elaborar uma Alteração Contratual sob o título "Transferência de Registro do Cartório Tal (informar qual Cartório) para a Junta Comercial do Estado de ....."
Na cláusula 1ª repetir a informação (da transferência de registro) e a partir da 2ª, proceder normalmente - efetivar as alterações que queira promover.
Arquivar primeiro no Cartório - o que funcionará como "último" documento lá arquivado e depois levar p/arquivamento na Junta Comercial revestindo o processo de todas as formalidades previstas pela instituição - capa de processo, busca prévia, cópia autenticada dos documentos de todos os (atuais) sócios, e respectivo DBE .
O exposto constitui o procedimento exigido aqui na Junta Comercial do meu Estado, portanto, seria de bom tom que consultasse a do seu - de repente tem algo diferente...
Espero ter ajudado
Recomendações