Você emite no mesmo lugar onde emitiu a sua CND.
http://www010.dataprev.gov.br/CWS/CONTEXTO/PCND1/PCND1.HTML
Escolha a opção 3 - Baixa. No meu estado, apenas consigo emitir essa CND especifica para baixa indo pessoalmente na Receita Federal.
Apenas um adicional, quanto a CND especifica, "a única hipótese em que deve constar expressamente na certidão a finalidade do ato para o qual ela será expedida é aquela prevista no inc. II do art. 47 da lei 8.212/91, que diz respeito à certidão exigida "do proprietário, pessoa física ou jurídica, de obra de construção civil, quando de sua averbação no registro de imóveis", segundo leciona o seu § 4º." (TRF 3ª Região, QUARTA TURMA, AMS 0027198-45.2008.4.03.6100, Rel. DESEMBARGADORA FEDERAL MARLI FERREIRA, julgado em 17/05/2012, e-DJF3 Judicial 1 DATA:24/05/2012)
Quanto a CND da Receita: "O art. 37 da lei 8.934/94, que trata do Registro Público de Empresas Mercantis e atividades afins, dispõe expressamente que não serão exigidos quaisquer outros documentos como condição para o arquivamento de atos de comércio, além daqueles enumerados no próprio dispositivo legal. O arquivamento de alteração contratual perante a Junta Comercial prescinde da apresentação de certidão negativa de tributos federais e dívida ativa, ante a inexistência de previsão legal específica." (TRF 3ª Região, TERCEIRA TURMA, AMS 0028266-35.2005.4.03.6100, Rel. DESEMBARGADOR FEDERAL MÁRCIO MORAES, julgado em 17/05/2012, e-DJF3 Judicial 1 DATA:25/05/2012)
Enfim, mas de fato a Junta não leva em consideração isso e continua a exigir a tal certidão do INSS especifica e a CND da Receita Federal.